Нийслэлийн Зоонозын өвчин судалын төв анх БНМАУ-ын 06 дугаар тогтоолоор 1982 оны 06 дугаар сарын 17-ны өдөр Гоц халдварт өвчнийг эсэргүүцэн судлах станц нэрээр байгуулагдан гоц аюулт халварт өвчний халдвартай буюу сэжигтэй материалтай ажиллах дэглэмийн зааврыг мөрдөн, тандалт шижилгээний тоног төхөөрөмжөөр хангагдан байгалийн голомтот халдварт өвчинтэй тэмцэх, сэргийлэх ажлын эхлэл тавигдан ажиллаж байсан түүхтэй.

• 1982-1990 он- /Гоц халдварт өвчний эсэргүүцэн судлах станц/
• 1990-2007 он Байгалийн голомт халдварт өвчинтэй тэмцэх газар
• 2007-2012 он -Байгалийн голомтот халдвар өвчин судлалын төв
• 2012 оноос одоог хүртэл – Нийслэлийн зоонозын өвчин судлалын төв нэртэйгээр үйл ажиллагаагаа эрхэлдэг.

• 1982-1985 оны хороонд Биологич мэргэжилтэй А.Баваасан нь анхны даргаар томилогдон 7 хүний баг бүрэлдээхүүнтэйгээр ажиллаж эхэлсэн.
• 1985-1986 оны хүртэл Биохимич мэргэжилтэй Н.Доржпүрэв нь 
• 1987-1993 он хүртэл Эрүүл ахуйч мэргэжилтэй С.Саранцэцэг нь
• 1994-1997 он хүртэл Мэс заслын их эмч мэргэжилтэй Б.Базарсүрэн нь
• 1997-2017 он хүртэл Биологич мэргэжилтэй О.Баасанчулуун нь 
• 2017 оноос М.Мөнгөнцэцэг нь байгууллагын даргаа одоог хүртэл ажиллаж байна.

Байгууллагын зураг 2021 он одоо үе- Нийслэлийн зоонозын өвчин судлалын төв нь, удирдах ажилтан-1, эмч мэргэжилтэн-5, тусгай мэргэжилтэн-4, туслах ажилтан-12 нийт 22 эмч, мэргэжилтэний баг бүрэлдэхүүнтэйгээр 3 тасаг нэгж болон үйл ажиллагаа эрхэлдэг.

Эрүүл мэндийн яам, Зоонозын өвчин судлалын үндэсний төвийн бодлого, чиглэл, төлөвлөгөөг хэрэгжүүлэхэд тулгуурлан, Нийслэлийн Эрүүл мэндийн газраас дэвшүүлсэн зорилго, зорилтын хүрээнд үйл ажиллагаагаа чиглүүлэн жил бүр Календарчилсан төлөвлөгөөг боловсруулан нийслэлийн 9 дүүрэг, Төв аймгийн 27 сумын 1,5 сая орчим хүн амд нийгмийн эрүүл мэндийн тусламж үйлчилгээг зохион байгуулан, судалгаа шинжилгээ хийж, өргөн цар хүрээг хамран ажилладаг байгууллага юм